Значение фамилии:
ПУПКОВ ПУПОВ ПУПЕНКО
В основе прозвище или некрестильное имя Пуп. Подобные имена, образованные от названий частей тела были нередкостью (Нос, Ухо и т.п.)
В Ономастиконе Весловского есть Пупок, крестьянин, XVI в., Новгород; Иван Семенович Пупок Колычев, первая половина XVI в.Пупыш, несколько лиц в Новгороде, XVI в..
Пуп озанчало не только 'пупок', так могли назвать всякую выпуклость, а также середину чего-либо. Отсюда пупырь, пупыш - 'прыщ, волдырь'; в некоторых говорах так назвают упитанного ребена, карапуза (в петербургсих и смоленских говорах пупа - ласковое обращение к маленьким детям). Вероятно, такие прозвища могли получить люди невысокие, полные - так, в смоленских говорах родственне слова пупел, пуплуше имеют значение 'небольшой, коротенький, малорослый'. Кроме того, пупырь - 'гордец, воображающий себя выше всех', а кое-где - 'угрюмый, неразговорчивый человек'. (Г) (см. Пупырев)